十六大以來，在稅收制度改革方面，隨著改革開放的深入和經(jīng)濟(jì)社會(huì)形勢(shì)的變化，按照黨的十六屆三中全會(huì)提出的“分步實(shí)施稅收制度改革”的任務(wù)和 “簡稅制、寬稅基、低稅率、嚴(yán)征管”的改革原則，主要的改革內(nèi)容是：改革出口退稅制度；統(tǒng)一各企業(yè)稅收制度；增值稅由生產(chǎn)型改為消費(fèi)型，將設(shè)備投資納入增值稅抵扣范圍；完善消費(fèi)稅，適當(dāng)擴(kuò)大稅基；改進(jìn)個(gè)人所得稅，實(shí)行綜合和分類相結(jié)合的個(gè)人所得稅制；實(shí)施城鎮(zhèn)建設(shè)稅費(fèi)改革，條件具備時(shí)對(duì)不動(dòng)產(chǎn)開征統(tǒng)一規(guī)范的物業(yè)稅，相應(yīng)取消有關(guān)收費(fèi)；在統(tǒng)一稅法的前提下，賦予地方適當(dāng)?shù)亩愂展芾頇?quán)；創(chuàng)造條件逐步實(shí)現(xiàn)城鄉(xiāng)稅制統(tǒng)一。相對(duì)于1994年全面、大動(dòng)作的稅制改革，新一輪的稅制改革是結(jié)構(gòu)性、漸進(jìn)式的調(diào)整。

　　從具體的稅改安排和進(jìn)展看，一是農(nóng)村稅費(fèi)改革全面轉(zhuǎn)向農(nóng)村綜合改革階段。2004年，財(cái)政在改革糧食流通體制中對(duì)種糧農(nóng)民實(shí)行直接補(bǔ)貼，并全面取消了除煙葉外的農(nóng)業(yè)特產(chǎn)稅；2005年，全面取消牧業(yè)稅，592個(gè)國家扶貧開發(fā)工作重點(diǎn)縣全部免征了農(nóng)業(yè)稅；2006年，在全國范圍內(nèi)取消農(nóng)業(yè)稅，徹底改變了兩千年來中國農(nóng)民因從事種植業(yè)而交納“皇糧國稅”的歷史，國家與農(nóng)民的分配關(guān)系發(fā)生根本性變革；從2006年起，農(nóng)村稅費(fèi)改革步入了以鄉(xiāng)鎮(zhèn)機(jī)構(gòu)改革、農(nóng)村義務(wù)教育體制改革、縣鄉(xiāng)財(cái)政管理體制等各項(xiàng)配套改革為主要內(nèi)容的農(nóng)村綜合改革的新階段；2007年全面推開農(nóng)村義務(wù)教育經(jīng)費(fèi)保障新機(jī)制，在全國農(nóng)村普遍實(shí)行免除義務(wù)教育學(xué)雜費(fèi)，將義務(wù)教育全面納入了公共財(cái)政保障體系。

　　二是增值稅轉(zhuǎn)型穩(wěn)步推進(jìn)。2004年9月，增值稅轉(zhuǎn)型改革以東北地區(qū)8大行業(yè)試點(diǎn)為開端，正式拉開了序幕，2007年決定在中部20多個(gè)工業(yè)城市擴(kuò)大推進(jìn)增值稅轉(zhuǎn)型改革試點(diǎn)，并研究在全國范圍內(nèi)的實(shí)施方案于2009年之后推開。

　　三是所得稅改革邁出新步伐。企業(yè)所得稅方面取得重大改革進(jìn)展，從2008年1月1日起，內(nèi)、外資企業(yè)所得稅法實(shí)現(xiàn)兩法合并，結(jié)束了我國沿用十多年的內(nèi)外資企業(yè)執(zhí)行兩套稅法的“雙軌”時(shí)代。個(gè)人所得稅方面，從2006年1月1日起，個(gè)人所得稅工資、薪金所得費(fèi)用扣除標(biāo)準(zhǔn)，從800元調(diào)整到1600元，2008年3月1日起進(jìn)一步調(diào)整為2000元，2011年再次提高為3500元，并同時(shí)調(diào)整了超額累進(jìn)的稅率、級(jí)距、級(jí)次設(shè)計(jì)。

　　四是研究實(shí)施有利于節(jié)約資源能源和開發(fā)新能源的財(cái)稅政策，積極調(diào)整和完善資源稅政策。2010年下半年，由新疆起步實(shí)施原油、天然氣資源稅由從量征收改為從價(jià)征收的改革，在分步推進(jìn)后，2011年這一改革在區(qū)域覆蓋面上已擴(kuò)及全國，2012年后將擴(kuò)大其品種覆蓋面。

　　五是在住房保有環(huán)節(jié)稅收的改革方面，于2011年啟動(dòng)了上海、重慶兩地的房產(chǎn)稅試點(diǎn)，將在取得經(jīng)驗(yàn)后適時(shí)擴(kuò)大改革試點(diǎn)范圍。這一改革是密切關(guān)聯(lián)地方稅體系建設(shè)、房地產(chǎn)業(yè)長期健康發(fā)展和優(yōu)化收入分配、財(cái)產(chǎn)配置機(jī)制的重要制度建設(shè)。

　　六是實(shí)施營業(yè)稅改增值稅的改革。2012年1月起上海率先實(shí)施了“營改增”的改革試點(diǎn)，2012年8月之后，全國將有十個(gè)左右省市陸續(xù)跟進(jìn)。這一改革旨在消除營業(yè)稅的重復(fù)征稅因素，從而激勵(lì)引導(dǎo)原被營業(yè)稅覆蓋的市場(chǎng)主體改變“小而全”、“大而全”傾向，發(fā)揮能力、潛力實(shí)現(xiàn)專業(yè)化細(xì)分，在減輕實(shí)際稅負(fù)的同時(shí)形成升級(jí)換代的經(jīng)濟(jì)激勵(lì)，進(jìn)而提振消費(fèi)、擴(kuò)大內(nèi)需和優(yōu)化產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)。

　　七是在2009年應(yīng)對(duì)世界金融危機(jī)的宏觀調(diào)控中大力實(shí)施結(jié)構(gòu)性減稅，在關(guān)稅環(huán)節(jié)有選擇地降低稅負(fù)，對(duì)中小企業(yè)實(shí)施所得稅減半征收，2011年下半年推出把小微企業(yè)簡易征稅辦法中的“起征點(diǎn)”由最高5000元提高到最高20000元。這些措施成為“反周期”調(diào)控、改善企業(yè)經(jīng)營環(huán)境和改善民生的積極手段。

　　八是在稅收征管方面，2004年新《稅收征管法》及其《實(shí)施細(xì)則》等一批法規(guī)相繼頒布實(shí)施，使稅收征管力度加強(qiáng)，規(guī)范性提高，促進(jìn)了稅收收入的持續(xù)大幅度增長。